Bien qu’elle existe depuis de nombreuses années, la Polyclinique Afia est devenue une organisation à but non lucratif en 1998. Cet établissement médical dispense des soins aussi bien aux salésiens qu’aux membres d’autres congrégations ainsi qu’au grand public. Les Salésiens de Don Bosco sont encore fortement impliqués dans la gestion de l’Association, qui reste une œuvre salésienne, tant dans l’esprit que dans le fonctionnement. Le règlement intérieur de la polyclinique prévoit qu’Afia reste une institution « catholique », tout en respectant les opinions religieuses du personnel et des patients. Selon ses statuts, la Polyclinique guérit tout patient sans distinction de race, de religion ou d’opinion politique.
À partir de 1998, la Polyclinique a été agrandie, permettant une meilleure performance de la structure. La Polyclinique Afia offre actuellement l’une des meilleures structures de soins à Lubumbashi. Afia dispose d’environ 125 lits, avec un taux d’occupation élevé. Sept médecins y travaillent à temps plein, aux côtés d’une soixantaine d’infirmières et d’une dizaine de personnels paramédicaux (laboratoire, pharmacie, radiologie). Afia est l’un des rares (sinon le seul) établissement médical de la ville à pratiquer la chirurgie laparoscopique. De nombreux services médicaux sont proposés, notamment en cardiologie et en gastro-entérologie.